髙祖神社は糸島市の東端、高祖山西方の山麓に位置する。古くから怡土郡有数の神社として崇敬を集め、中世には怡土郡に勢力を誇った原田氏の庇護のもと数度にわたり社殿の建替えが行われた。
境内は上下二段に造成され、拝殿・本殿は、一段高い所に建つ。本殿は、三間社流造、檜皮葺、向拝正面中央には木階を付け、その両側に浜床を敷く。本殿の身舎軸部には中世に遡る材が多く残り、棟札より天文10年（1541）に建立、元亀３年(1572)に修理され、寛文2年(1662)に向拝、妻、屋根まわりが改築され、四方縁から三方縁に変更された。拝殿は18世紀前期の建築とされ、入母屋造、妻入、桟瓦葺 、一部本瓦葺で正面3間、側面3間の規模である。県内では、長禄2年(1458)建立とされる太宰府天満宮末社志賀社本殿に次いで古い社殿であり、建立棟札とともに現存するものとしては最も古い社殿である。