名木、巨樹老木、特殊な形状のもの、特殊な環境（高山、原野、洞穴等）下のもの、栽培植物や希少または絶滅に瀕した植物の自生地、更にある種の分布の限界地をはじめ、代表的原始林や稀有の森林植物相なども含み、対象は多彩である。国指定天然記念物の中では、最も件数が多い。「縄文杉」等で知られる屋久島杉原始林が、全国的によく知られており、福岡県の2件の特別天然記念物はともに原始林（ツゲ、クスノキ）である。